En el año 2000, la AJR denunció ante el MP a altos mandos del ejército por las atrocidades cometidas entre 1978 y 1982 (durante el gobierno de Romeo Lucas García) y entre 1982 y 1983 (durante el gobierno de Efraín Rios Montt).
La región Ixil, ubicada en los municipios de Nebaj, Chajul y Cotzal del departamento de Quiché, fue una de las más golpeadas durante el CAI, su población fue acusada malintencionadamente de colaborar con las guerrillas “comunistas”. Esta excusa sirvió para cometer todo tipo de violaciones a los DDHH de esta población.
En 2012 Ríos Montt, tras perder su derecho a inmunidad por ser congresista, fue ligado a proceso por genocidio y crímenes de lesa humanidad. En 2013 el Tribunal de Mayor Riesgo A realizó el debate oral y público y concluyó con una sentencia de 80 años de cárcel contra el dictador por los dos delitos cometidos contra el Pueblo Ixil. José Mauricio Rodríguez Sánchez, que fue jefe de inteligencia de Ríos Montt, quien estaba acusado de los mismos delitos, fue absuelto. Sin embargo, diez días después de haberse dictado esta histórica sentencia, la Corte de Constitucionalidad (CC) la suspendió y mandó repetir la fase de debate, lo que generó duras críticas, tanto de organizaciones de derechos humanos nacionales así como internacionales, por considerar la resolución sin fundamento legal. El juicio se reanudó en 2015; Ríos Montt murió en 2018, antes de que se dictase, de nuevo, sentencia condenatoria por los dos delitos.
El segundo juicio por Genocidio contra el pueblo Ixil, cometido durante el gobierno de Romeo Lucas García, inició en 2021, cuando el juez Miguel Ángel Gálvez mandó a Benedicto Lucas García (hermano del ya fallecido Romeo) y Manuel Callejas y Callejas, a debate oral y público por delitos contra deberes de la humanidad, desaparición forzada y genocidio. El tercer acusado, César Noguera Argueta, Jefe de Operaciones Militares G3, falleció en octubre de 2020 a la espera de la resolución de apertura a juicio. Antes de que iniciara el debate, Callejas fue declarado mentalmente incompetente. Falleció en julio de 2025 sin enfrentar juicio. Benedicto Lucas García, de 93 años, fue juzgado entre abril y noviembre de 2024. Después de 99 audiencias, su defensa recusó al Tribunal de Mayor Riesgo “A” por supuesta parcialidad. Una sala de apelación aceptó la recusación y resolvió cancelar todo lo actuado en el debate y ordenó la repetición del mismo. La CC confirmó esta resolución. Un nuevo tribunal tendrá que constituirse.
Luis Enrique Mendoza García, director de la Sección de Operaciones S-3 del Estado Mayor General del Ejército durante el gobierno de facto de Ríos Montt (1982-1983), no fue juzgado en el primer proceso de 2013 por encontrarse prófugo. Fue capturado en 2019. En septiembre de 2025 iba a iniciar otro juicio por genocidio y delitos contra los deberes de humanidad contra él, pero la audiencia fue suspendida en dos ocasiones y finalmente se reprogramó para el 27 de abril de 2026.