En relación a la justicia transicional, el 2018 vio la celebración de tres importantes juicios:

- Juicio por el caso Molina Theissen: en mayo de 2018 cuatro ex militares fueron condenados, y uno fue absuelto por falta de evidencias de haber tenido responsabilidad en la cadena de mando, a penas de entre 33 y 58 años de prisión por la desaparición forzada del niño Marco Antonio Molina Theissen y la detención ilegal, tortura y violación de su hermana Emma Guadalupe. En la audiencia de reparación digna, el Tribunal emitió una resolución en la cual se dictó que Guatemala tendrá que crear un Registro Nacional de Víctimas, un Plan Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas y también será instituida una nueva fecha relevante en el calendario: el Día Nacional de la Niñez Desaparecida (6 de octubre), coincidiendo con la desaparición de Marco Antonio Molina Theissen.

- Juicio por el caso genocidio Ixil: por segunda vez la justicia guatemalteca determinó que sí hubo genocidio en Guatemala, conclusión a la que el tribunal a cargo de este caso llegó de forma unánime. A pesar de esta contundente sentencia, el único acusado vivo (tras la muerte del golpista Efraín Ríos Mont en abril de 2018), Mauricio Rodríguez Sánchez, responsable del diseño, ejecución y supervisión de la inteligencia del ejército en los años 1982 y 1983, fue absuelto con dos votos a favor y un voto disidente.

- Juicio por el caso Las Dos Erres: en noviembre el ex militar guatemalteco Santos López Alonzo, miembro de un cuerpo de élite del Ejército llamado los kaibiles y encargado de servicios especiales y de inteligencia, fue condenado a 5.160 años de cárcel por su participación en la masacre de Las Dos Erres (Petén), perpetrada en 1982 durante el conflicto armado interno. Tras la condena, el Tribunal resolvió que, como medida de resarcimiento, se decrete el 7 de diciembre como Día Nacional para Conmemorar a las Víctimas. Además, se ordenó a la Municipalidad de Las Cruces, Petén, realizar un acto público en conmemoración de las víctimas de la masacre, y se conminó al Ministerio de Salud para que se garantice la salud física y psicológica de los sobrevivientes. Otra de las formas en las que el tribunal ordenó que se deberá resarcir a las víctimas de la masacre fue decretar medidas de seguridad en su favor.

PBI mantuvo una observación continuada de las audiencias del caso Molina Theissen y acompañó a los y las abogadas del BDH en las audiencias de los casos Genocidio Ixil y Las Dos Erres.

No obstante lo anterior, hay que señalar que los avances representados por estos y otros importantes juicios conocidos por los tribunales guatemaltecos en los últimos años, corren el riesgo de ser frenados y retrocedidos por la iniciativa que modifica la Ley de Reconciliación Nacional actualmente en trámite en el Congreso y que, en el mes de enero de 2019, recibió una aprobación en primer debate.

Además, durante el año asistimos a la no renovación del contrato laboral del que fue el coordinador del Archivo Histórico de la Policía Nacional (AHPN) durante los últimos 13 años. Existen preocupaciones de que este hecho revierta en un debilitamiento del AHPN, el cual ha sido una pieza fundamental para la búsqueda de pruebas en varios de los juicios de alto impactos conocidos por los tribunales guatemaltecos. PBI acompañó al AHPN hasta el año 2016.