En relación a la busqueda por la justicia por los crimenes de guerra ocurrido durante el conflicto armado interno (CAI), el primer semestre de 2018 vio la celebración del juicio por el caso Molina Theissen, en el cual cinco ex-militares han sido juzgados por la desaparición forzada del niño Marco Antonio Molina Theissen y la detención ilegal, tortura y violación de su hermana Emma Guadalupe. El 23 de mayo, el Tribunal de Mayor Riesgo C emitió sentencia de condena a los militares retirados Manuel Benedicto Lucas García (exjefe del Estado Mayor del ejército en 1981), Hugo Ramiro Zaldaña Rojas (exoficial de inteligencia), Manuel Antonio Callejas Callejas (exjefe de Inteligencia Militar) y Francisco Luís Gordillo Martínez (excomandante de la zona militar de Quetzaltenango) a penas de entre 33 y 58 años de prisión por delitos contra los deberes de la humanidad, violación con agravación de la pena y desaparición forzada. Edilberto Letona Linares (ex subcomandante de la zona militar de Quetzaltenango) fue absuelto al determinarse que no tenía responsabilidad en la cadena de mando. El juez presidente del Tribunal, Pablo Xitumul, concluyó que “estos crímenes ofenden a todos los seres humanos por lo que no deben quedar en la impunidad”. La petición de la familia Molina Theissen de saber el paradero de su hijo y hermano, Marco Antonio, quedó sin respuesta por parte de los militares responsables, por lo que la familia seguirá buscándolo.

El Alto Comisionado de la ONU para los Derechos Humanos, Zeid Ra ad Al Hussein saludó la sentencia afirmando que “es trascendental para Guatemala y el mundo con relación a la investigación, juzgamiento y sanción de graves violaciones a los derechos humanos cometidas por altos mandos militares durante un conflicto armado interno”. Además, en la audiencia de reparación digna que se realizó el día 28 de mayo, el Tribunal emitió una resolución  n la cual se dictó que Guatemala tendrá que crear un Registro Nacional de Víctimas, un Plan Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas y también será instituida una nueva fecha relevante en el calendario: el Día Nacional de la Niñez Desaparecida (6 de octubre), coincidiendo con la desaparición de Marco Antonio Molina Theissen. También la CIDH saludó esta decisión histórica en la lucha contra la impunidad por crímenes cometidos durante el conflicto armado interno en Guatemala. PBI dio seguimiento al juicio a través de la observación continuada de las audiencias.

En cuanto al juicio por genocidio y delitos contra los deberes de humanidad en contra del ex jefe de Estado de facto en 1982-1983, General José Efraín Ríos Montt, y el entonces jefe de la inteligencia militar, José Mauricio Rodríguez Sánchez, reanudado en octubre de 2017, la muerte de Ríos Montt el 1 de abril de 2018 puso fin a la persecución judicial del ex jefe de Estado, así como establecido en el Código Penal en caso de muerte del acusado. Ríos Montt será recordado como uno de los dictadores más despiadados el siglo XX. Fue sometido a un juicio oral y público que dio inicio el 19 de marzo de 2013 y finalizó con una sentencia condenatoria a 80 años de prisión por genocidio y delitos contra los deberes de humanidad contra la población Maya Ixil, el 10 de mayo de 2013. Diez días después del veredicto, la Corte de Constitucionalidad (CC) suspendió parcialmente el proceso, basándose en un tecnicismo, lo cual dejó sin efecto la sentencia condenatoria. Sin embargo, dicha sentencia es un documento histórico, sustentado con pruebas testimoniales, documentales y forenses que demuestran que Ríos Montt fue responsable del genocidio contra el pueblo Maya Ixil.

Mientras tanto, el juicio contra Rodríguez Sánchez continuó y el 26 de septiembre de 2018, otro tribunal, el de Mayor Riesgo B de forma unánime terminó también en esta segundo vez, que sí hubo genocidio en Guatemala. 1,771 indígenas ixiles fueron víctimas del plan de exterminio sistemático del ejército entre 1978 y 1985. La sentencia del Tribunal expuso que los daños psicológicos, económicos y sociales del genocidio todavía son profundos. (...) A eso hay que sumar, (...) que la destrucción del tejido social por la violencia provocó desconfianza entre la población, y eso, a la vez, desarticuló los vínculos comunitarios. El racismo y la discriminación que se instalaron contra el pueblo indígena desde décadas atrás, pero se afianzaron durante el conflicto armado, siguen presentes en la vida de los sobrevivientes del genocidio. A pesar de esta contundente sentencia, el único acusado vivo (tras la muerte del golpista Efrain Ríos Mont), fue absuelto. Mauricio Rodríguez Sánchez, responsable del diseño, ejecución y supervisión de la inteligencia del ejército en los años 1982 y 1983, fue absuelto con dos votos a favor y un voto disidente. La jueza Sara Yoc Yoc argumentó que la inteligencia del ejército interrogó a los ixiles como subversivos, los caracterizó cómo el enemigo y los torturó. También señaló que para asesorar (al alto mando militar) debía llevar la recopilación de toda la información de lo que sucedía en el campo de acción. Y responsabilizó al exjefe de inteligencia del genocidio: No daba órdenes, pero daba todo, nombres y apellidos (de las víctimas); si él no hubiera pasado toda esa información, no tendríamos tantos muertos.